风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂?斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。
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狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中……
以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔（注：以现实中634米的东京晴空塔为原型）竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团陷入恐慌。
柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，怎么可能？！”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。
于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队（Navy Seals）”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步！与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来…
